想把阳台封起来，和厨房连在一起，但是厕所的窗户就在阳台那里，这样通风会不会不好，怎么处理下好呢

没办法，你的房型不好。要打通就只能封闭卫生间窗户了。考虑到卫生间采光，在原来窗户上面顶部开个小窗，最起码高度要在2米以上。通风问题基本解决，附件就是阳台好通风。卫生间有用浴霸的话自带排风扇，可以考虑另加装一个。