但是现在买的灯是暗装的，能直接在石膏板上打孔吗

可以的，石膏板上面的龙骨间距一般是30公分以上，我估计你的吊顶龙骨应该是用的木龙骨，不要把龙骨打断就行，注意灯具的加固不要掉下来