钢结构厂房，屋顶的檩条，用C型钢好，还是方管好呢

通常屋顶檩条用C，Z型冷弯薄壁型钢，Z型的受力性能好一些。薄壁矩形钢管的受力性能要好的多。当跨度大，荷载大，当然选用矩管。

从防腐角度还是用C,Z好一些，镀锌的防腐性能显然要好于涂料。整个车间变形？

不会吧，檩条变形还差不多，檩条的刚度比主刚架小的多，它的变形不会带动整个车间变形。截面强度、刚度和稳定算够了，没得问题。