秦岭地区拥有丰富的珍稀野生动物资源，主要保护对象包括以下“秦岭四宝”及多种特有物种：
大熊猫
秦岭是大熊猫的故乡，现存秦岭亚种体型肥硕，头圆尾短，性情温顺。陕西大熊猫与四川大熊猫存在形态差异，秦岭亚种被公认为独立亚种。
金丝猴
秦岭金丝猴属四川亚种，以灵动活泼著称。保护区内其种群数量稳定，是秦岭生态的重要标志。
朱鹮
中国特有珍稀鸟类，曾濒临灭绝。经保护后数量恢复至5000余只，成为人与自然和谐共生的典范。
羚牛
秦岭亚种体型最大，通体白色间泛金黄，适应高山攀爬。为国家一级保护动物，数量稀少。
其他珍稀物种 ：
大鲵 （中国现存最大陆生脊椎动物）
细鳞鲑、川陕哲罗鲑 （珍稀鱼类）
中华鬣羚、豹猫、林麝 （哺乳动物）
秦岭作为世界物种基因库和中华绿芯，其生态保护对维护生物多样性具有不可替代的作用。
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