换马店古镇项目被叫停的主要原因如下：
未批先建程序违法
项目直接以县政府名义批准80亩农地用于建设，未遵循国家规定的“先征地、后出让”法定程序。根据《土地管理法》，涉及农地转用的重大项目需经国务院批准，而该项目实际占用农地500多亩，远超35公顷的审批门槛。
土地用途与流转协议不符
项目以签订《土地流转协议》名义占用农地，但实际用于永久性建设，与农业规模经营无关。土地流转仅允许经营权转让，不适用于建设性项目。
占用农地规模超标
即使分批次报批，累计占用农地仍超过35公顷，需国务院审批而未获批准，属于典型的“拆零审批”违规行为。
综上，项目因违反土地管理法规、审批程序及土地用途规定被叫停。
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