大筒木辉夜在吸收鸣人和佐助体内的查克拉时流泪，主要原因是她对两个儿子的思念与悔恨。具体分析如下：
情感羁绊
辉夜与鸣人、佐助的母亲（宇智波一族与千手一族祖先）育有两子，因陀罗和阿修罗。辉夜在吸收查克拉时流泪，直接表达了对儿子们的深切思念。
悲剧根源
辉夜因爱上宇智波一族男子（即鸣人、佐助的父亲），生下羽衣和羽村。但这段感情最终导致宇智波一族覆灭，辉夜也陷入无尽悔恨。
冲突与牺牲
为复活宇智波一族，辉夜重启忍者世界并吸收鸣人和佐助的查克拉。这一行为虽出于拯救家族的初衷，却因威胁到人类安全被儿子们封印。
情感爆发
在最终战中，辉夜面对儿子们的反抗和强大的查克拉，泪流满面。这一幕既体现了她对亲情的珍视，也暗示了命运的无奈。
综上，辉夜的泪水是亲情与宿命交织的悲剧象征，展现了她作为母亲与反派的双重身份冲突。
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