社保在入职首月被扣除两个月的情况，主要与工资发放时间、社保建账规则及操作流程有关，具体原因如下：
工资发放滞后导致跨月扣款
若公司工资通常在次月发放（如“本月发上月工资”），而员工入职时间恰好为上月，本月扣款时需同时扣除上月和本月的社保费用。
社保建账规则的特殊性
新员工入职首月，社保系统可能因建账需要一次性扣除两个月费用。例如，系统可能将首月视为连续缴费周期的开始，从而代扣两个月费用。
上月欠费补缴影响当月扣款
若员工上月存在社保欠费未成功扣缴，本月单位可能代扣补缴，导致重复扣款。
操作失误或系统异常
包括财务系统错误、代扣银行卡信息重复发送等，可能导致误扣两个月费用。
建议 ：
核实工资发放时间及社保扣款明细，确认是否存在跨月工资计算问题；
通过社保局12333热线或单位财务部门查询欠费补缴记录；
若问题持续，可向劳动监察部门或律师寻求法律帮助。
温馨提示：
