耿耿与余淮分开的主要原因可归纳为以下四点，结合剧情发展和角色背景分析：
家庭变故导致余淮离开
余淮高考后因母亲尿毒症病发，选择留在本地照顾母亲，未能履行与耿耿的大学约定。这一变故成为两人分离的核心原因，余淮长期未联系耿耿。
余淮的自我否定与自卑
因家庭压力和高考失利，余淮陷入自我怀疑，认为自己配不上耿耿。这种心理状态使他在重逢后仍选择逃避，最终以祝福和痛苦告别。
耿耿的误解与等待
耿耿误以为余淮失约，长期等待却未收到任何消息。她因家庭变故（母亲病情）和自身成长（从迷茫到独立）逐渐放下过去，但始终未能释怀。
现实压力与命运阻隔
余淮复读一年考上清华后，因母亲病情再次放弃梦想，最终选择本地理工院校。而耿耿考上清华后，两人因生活轨迹不同（耿耿去北京，余淮留在本地）逐渐疏离，命运的安排使他们的重逢充满遗憾。
总结 ：两人分开是家庭变故、自我认知、误解等待及现实压力共同作用的结果，最终以青春遗憾收场。这一设定既符合青春成长的主题，也呼应了“成长就是学会面对失去”的成长观。
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