毛利小五郎与妃英理分居的主要原因可归纳为以下四点，结合权威信息源整理如下：
误会引发的冲突
10年前，毛利小五郎作为警察时，为保护被挟持的妃英理开枪导致其腿部受伤。妃英理因心疼丈夫却遭其抱怨厨艺差，一气之下离家出走，最终导致两人分居。
性格与生活习惯差异
性格冲突 ：妃英理性格强势、事业心强，而毛利小五郎则较为随意、大男子主义，双方常因观念不合争吵。
生活习惯矛盾 ：小五郎嗜酒、好色、赌马等不良习惯，以及女强人妃英理对家庭责任的坚持，加剧了矛盾。
缺乏有效沟通与妥协
双方虽深爱对方，但均因“嘴硬心软”未选择退让。小五郎为保护妻子而开枪的行为，被妃英理误解为冷漠无情，进一步加深隔阂。
分居后的情感沉淀
分居后，两人虽未离婚，但情感逐渐沉淀。小五郎始终将妃英理视为唯一牵挂，而妃英理则将情感深埋心底，这种单向付出成为关系难以修复的隐痛。
总结 ：两人分居是长期矛盾积累的结果，既包含误会与冲突，也反映性格、习惯及价值观的差异。尽管表面疏离，但内心情感始终未完全断裂。
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