食用菌菌种保存最常用的方法是低温保存法。
低温保存法是目前食用菌菌种保存最常用的方法，其原理是将菌种在低温环境下（通常为4℃）进行长期保存，以减慢菌种的代谢活动，延长菌种的寿命。该方法简单易行，效果稳定，适用于大多数食用菌菌种的保存。
除此之外，还有其他的菌种保存方法：
1.液氮保存法：这是一种更为先进的菌种保存方法，通过将菌种置于液氮（-196℃）中，可以极大地降低菌种的代谢活动，达到长期保存的目的。这种方法保存的菌种活力恢复速度快，但设备和技术要求较高。
2.干燥保存法：通过将菌种在干燥环境下保存，可以抑制菌种的生长和代谢。这种方法设备简单，但保存时间相对较短，且菌种活力恢复较慢。
3.固体培养基保存法：将菌种接种在固体培养基上，然后在低温（4℃）下保存。这种方法操作简单，但保存时间相对较短，且菌种活力恢复速度一般。
综上所述，食用菌菌种保存最常用的方法是低温保存法，但具体的保存方法还需要根据菌种的特性和保存条件进行选择。
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