居家隔离期间是否扣工资是否合法，取决于不同的情况。
在中国，根据《传染病防治法》和《工资支付暂行规定》，如果员工因被政府采取隔离措施而不能正常工作，单位应当视同劳动者提供正常劳动并支付其工资。也就是说，如果员工因为居家隔离而不能上班，单位不能以此为由扣除员工的工资。但是，如果员工在居家隔离期间没有进行与工作相关的行为，例如远程办公等，单位是否需要支付工资，则需要根据单位的内部规定或者与员工的劳动合同来确定。
1.地方政策差异：各地对于隔离期间的工资支付问题，可能会有不同的政策规定。例如，有的地方规定，如果员工因为居家隔离而不能上班，单位应当视同劳动者提供正常劳动并支付其工资。
2.劳动合同规定：如果员工与单位之间的劳动合同中有明确的规定，那么应按照劳动合同的约定来执行。例如，有的劳动合同可能会规定，如果员工因为个人原因不能上班，单位有权扣除其工资。
3.公司政策：一些公司可能有自己的内部政策，规定了员工在居家隔离期间的工资支付问题。这种情况下，应按照公司的内部政策来执行。
总的来说，居家隔离期间是否扣工资，需要根据具体情况来判断。如果遇到此类问题，员工和单位都可以向当地的劳动部门咨询，以获得准确的法律建议。
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