南京秦淮区有以下本科大学：
南京航空航天大学
以航空、航天、民航为特色，多学科协调发展，是“211工程”重点支持的高校，拥有国家级精品课程、特色专业及实验教学示范中心。
解放军理工大学
全军重点院校，综合实力强，聚焦军事工程领域，为国防现代化建设培养人才。
南京中医药大学
专注中医药学科，享有高声誉，是秦淮区唯一的中医药类本科高校。
南京理工大学
工科为主，国家“211工程”重点支持高校，学科覆盖广泛，科研实力突出。
其他说明 ：
搜索结果中提到的南京医科大学、南京艺术学院等高校，部分信息显示其分院或校区位于秦淮区，但权威性较低或需进一步核实。
淮阴工学院等非秦淮区高校已从列表中剔除。
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