根据搜索结果，菏泽市目前有3所本科院校和3所专科院校，其中本科院校为二本，没有三本院校。具体如下：
菏泽学院
位于山东省菏泽市，是全日制普通本科高校，入选数据中国“百校工程”建设院校。 - 历史沿革：前身为1949年创建的冀鲁豫区第二师范学校，2004年正式更名为菏泽学院，占地面积1436亩，拥有全日制本专科在校生21583人。
菏泽医学专科学校
专注医学领域教育，位于菏泽市。
菏泽家政职业学院
以家政服务为特色，位于菏泽市。
菏泽职业学院
聚焦工科领域，位于菏泽市。
批次划分依据 ：根据近年招生情况，菏泽学院在山东省内均属本科第二批次录取，因此被明确归类为二本。- 权威信息查询 ：建议通过教育部官网或学校官方渠道获取最新招生信息，避免因政策调整产生变化。
综上，菏泽市三本院校为上述3所专科院校，本科阶段无三本层次划分。
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