东京文京区共有 15所大学 ，以下为具体名单及分类说明：
东京大学
日本顶尖国立综合性大学，文京区本乡校区为全球知名学府，涵盖医学、法学、经济学等优势学科。
东京医科齿科大学
旧六齿科大学之一，牙医学部为日本领先机构。
筑波大学东京校区
理工科为主，2024年与东京齿科大学合并为东京科学大学。
中央大学（理工学部）
理工科特色鲜明，科研实力突出。
御茶水女子大学
文科类顶尖私立高校，以文学、法学专业着称。
顺天堂大学
医学领域权威学府，医学院为日本顶尖。
日本医科大学
全球知名私立医科院校。
东洋大学
文化艺术类特色鲜明。
千代田区 ：包含一桥大学（经济学）、东京大学（本乡校区）等。
其他区域 ：如世田谷区有东京都市大学，中野区有明治大学等。
文京区作为东京文教中心，国立大学与私立大学共同构成学术核心，尤其以东京大学为代表。
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