巴南区目前有以下高校（截至2025年2月最新信息）：
重庆理工大学
重庆理工大学是西南地区唯一具有兵工背景的普通本科高校，拥有14个"十四五"重点学科，工程学、材料科学等学科位列ESI全球排名前1%。
重庆工程学院
全日制普通本科高校，2023年通过教育部本科教学工作合格评估，涵盖工科、管理学等多学科领域。
重庆财经学院
2001年转设为独立本科高校，2021年获批重庆市新增硕士学位授予立项建设单位，设有国际物流与供应链产业学院等特色专业。
重庆文化艺术职业学院
艺术类高等职业院校，致力于文化创意、设计等领域的专业人才培养。
重庆青年职业技术学院
职业技能型高校，提供机械设计、电子技术等专业教育。
补充说明
部分资料提到重庆交通大学、西南大学、重庆师范大学等高校在巴南区设有校区，但根据最新官方信息，这些学校的主校区不在巴南区，需注意区分。- 巴南区高校数量存在不同说法，部分低权威性资料提到重庆邮电大学、三峡学院等，但未获最新官方证实。
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