河海大学目前设有31个院系，涵盖水利、工科、理学、经济学、管理学、法学、文学、艺术学、体育学、国际教育等多个学科领域。以下是主要院系设置及部分专业示例：
水文水资源学院
水利水电工程、水文与水资源工程、自然地理与资源环境等专业。
水利水电学院
水利水电工程、港口航道与海岸工程、交通工程等。
港口海岸与近海工程学院
港口航道与海岸工程、海洋工程等。
土木与交通学院
土木工程、交通工程、桥梁工程等。
环境学院
环境工程、环境科学、环境生态工程等。
能源与电气学院
电气工程及其自动化、能源与动力工程、自动化等。
计算机与软件学院
计算机科学与技术、软件工程、人工智能等。
力学与材料学院
力学、材料科学与工程、机械设计制造及其自动化等。
地球科学与工程学院
地球物理学、地质工程、资源环境科学与工程等。
农业科学与工程学院
农业工程、植物保护、农业资源与环境等。
其他特色学院
国际教育学院、远程与继续教育学院、马克思主义学院、外国语学院、体育系、大禹学院（拔尖人才培养）等。
学科授权 ：拥有16个一级学科博士学位授权点，2个博士专业学位授权点，42个一级学科硕士学位授权点，19个硕士专业学位授权点。
重点学科 ：水利工程、环境科学与工程2个学科入选国家一流学科建设名单。
校区分布 ：包含西康路、江宁、常州3个校区，占地面积2425.6亩，教职工3636名。
部分学院如能源与电气学院、信息学部人工智能学院等是近年新增设的学科，反映了学校在新兴领域的快速发展。建议以学校官网最新公布的信息为准。
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