元朝在西域设置了行省、宣慰司、军事机构及财政机构，形成了一套中央与地方共同管理的体系。具体如下：
行省制度
别失八里行省 （1251年）：管辖天山南北及畏兀儿地区，是元代最高地方行政机构。 - 阿姆河行省 （1271年）：管理中亚阿姆河以南及喀什噶尔等地。 - 阿力麻里行省 （1271年）：管辖伊犁河流域。
宣慰司与军事机构
北庭都护府 （1280年）：委派脱脱木儿主管，统辖北疆军政事务。 - 别失八里元帅府 （1286年）：总管新附兵屯垦及北疆军事。 - 宣慰司 ：1283年分设别失八里宣慰司（北疆）和哈喇火州宣慰司（南疆），负责军政管理。
财政与交通机构
交钞提举司/库 ：1280年设立，管理畏兀儿地区的财政与货币。 - 驿站系统 ：1273年设置水驿、陆驿，并在太和岭至别失八里间增设三十个驿站，加强交通联系。
其他机构
达鲁花赤 ：中央派遣的监督官，1223年起在西域多地设立，管理军事政治。 - 屯田制度 ：在和阗、叶尔羌等地屯田，供应军队粮秣。
总结 ：元朝通过行省、宣慰司、军事及财政机构，实现了对西域的全面统治，同时注重交通与屯田建设，巩固了边疆稳定。
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