中日友好医院与以下学校存在关联，具体如下：
北京中医药大学
中日友好医院是北京中医药大学的临床医学院，双方合作培养医学人才。
北京大学医学部
该医院与北京大学医学部共同设有临床医学院，属于其教学合作单位。
首都医科大学
2017年，中日友好医院成为首都医科大学的临床医学院，双方合作开展医学教育与研究。
北京协和医学院
医院是北京协和医学院的教学医院，承担临床教学与科研任务。
总结 ：中日友好医院与北京中医药大学、北京大学医学部、首都医科大学、北京协和医学院等高校存在多领域合作，其中与北京中医药大学、北京大学医学部、首都医科大学的临床医学院关系最为紧密。
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