烟台芝罘区目前有以下主要高校：
烟台大学
位于芝罘区，是重点综合性大学，拥有多个学院和本科专业，校门面向大海，是芝罘区规模最大的高校。
鲁东大学
以文理工为主体、多学科协调发展的省重点建设高校，始建于1930年，历史悠久，邻近市中心和第一海水浴场，考研率较高。
海军航空工程学院
培养海军初级指挥军官和航空航天工程技术军官，创建于1950年，是新中国首批军事院校之一，2000年获“教学优秀单位”称号。
补充说明
山东工商学院原计划迁至芝罘区，但截至2025年4月尚未正式落地，相关信息需以最新官方公告为准。- 其他如烟台职业学院、南山学院等高校位于莱山区或龙口市，不属于芝罘区范围。
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