根据搜索结果，日本读研留学的选择需结合学术兴趣、研究方向、预算及生活偏好。以下为综合推荐及分领域建议：
东京大学
日本最历史悠久、综合实力最强的国立大学，覆盖工程、生命科学、人文学科等领域的顶尖研究设施和实验室，国际交流项目广泛。
优势领域：工程、医学、人文科学，适合追求学术资源丰富的学生。
京都大学
以工科、医学、计算机科学和物理领域见长，研究生项目全日本最着名，学术氛围浓厚。
优势领域：科研机构密集，适合需要深度研究的学生。
大阪大学
综合科学、医学、经济学等领域排名高，提供多样化的研究支持，生活成本低于东京。
优势领域：商科、法学、医学研究，适合注重性价比和多元化的学生。
一桥大学 ：商科领域顶尖，精英教育体系，适合商科背景或日语教育方向的学生。
早稻田大学 ：私立国际化大学，商学、社会学、理工科领域表现突出，适合国际交流需求。
庆应义塾大学 ：私立名校，研究领域与东京、京都大学媲美，适合学术能力较强的学生。
东京
优势：教育资源集中，国际活动多，就业机会丰富，适合短期就职或长期发展。
推荐院校：东京大学、早稻田大学、庆应义塾大学。
京都
优势：文化底蕴深厚，生活成本较低，适合安心学术研究。
推荐院校：京都大学、龙谷大学、立命馆大学。
大阪
优势：商业氛围浓厚，生活性价比高，适合注重生活质量的留学生。
推荐院校：大阪大学、关西学院大学、同志社大学。
其他城市
筑波大学 ：建筑学专业顶尖，录取率较高。
名古屋 ：中部地区商业与工业中心，适合工科或经济领域研究。
学术优先 ：东京、京都、大阪的顶尖高校适合追求学术资源的学生。
预算与生活 ：大阪、京都性价比更高，东京消费水平较高。
职业规划 ：东京就业机会多，京都适合长期学术研究，一桥大学适合特定专业（如商科）。
建议根据个人情况综合评估，可优先考虑东京的综合性名校，或根据专业需求选择京都、大阪等城市，并结合语言学校选择就近城市就读。
温馨提示：
