南京作为江苏省省会城市，高校数量众多且层次分明。根据最新官方数据，南京共有52所高校，其中本科院校34所，专科院校18所。以下是主要分类及部分代表性院校的整理：
985工程院校
南京大学、东南大学
西北工业大学（原南京工学院航空系）
211工程院校
南京大学、东南大学、南京航空航天大学、南京理工大学、河海大学、南京农业大学、中国药科大学、南京师范大学
双一流建设高校
南京大学（A类）、东南大学（A类）
南京航空航天大学、南京理工大学、南京工业大学、南京邮电大学、河海大学、南京林业大学、南京信息工程大学、南京医科大学、南京中医药大学、中国药科大学、南京师范大学、南京财经大学、江苏警官学院、南京体育学院、南京艺术学院等
民办高校 ：育英二外中央商务区分校、二十九中新校区等
国际化学校 ：南京安生学校（原南京托马斯实验学校）
部分院校存在历史沿革，如南京大学前身为1902年创立的三江师范学堂，东南大学由南京大学工学院发展而来
新校区建设持续推进中，例如二十九中新校区位于鼓楼区，育英二外中央商务区分校位于顶山街道
以上信息综合自教育部公布的高校名单及权威机构整理，排名不分先后，供参考。
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