根据搜索结果，北京大学主校区（燕园校区）在1949年的占地面积为 3.39平方公里 （合5085亩）。以下是相关信息的整合：
主校区面积
1949年时，北京大学主校区（燕园校区）占地面积为3.39平方公里，这一数据来自2017年发布的权威信息。
校系分布
北京大学现分为6个校区，包括燕园校区（本部）、医学部校区、昌平校区、大兴校区、无锡校区和深圳研究生院校区。各校区面积随时间有所扩展。
历史背景
北京大学创建于1898年，1912年定名，是中国第一所国立综合性大学。1949年后，学校持续发展，校区规模逐步扩大。
总结 ：1949年北京大学主校区（燕园校区）占地面积为3.39平方公里，是当时学校的核心办学区域。
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