军事指挥学专业课程设置以军事指挥为核心，结合理论、技术及实践训练，具体课程可分为以下五类：
战略学、战术学、战役学 ：系统学习战争全局与局部作战规律
军队指挥学、合成军队指挥学 ：掌握不同军兵种及合成部队的指挥方法
作战指挥学 ：研究指挥实践规律与原则
军事理论与历史、军事思想与战争史 ：了解军事发展脉络与思想演变
军事地理、军事教育学 ：分析地理环境对军事行动的影响及教育方法
电子线路、数字电路、通信原理 ：掌握指挥控制系统与信息化技术
军事装备学、雷达指挥、侦查与特种兵指挥 ：针对特定兵种的专业技术
军事运筹学、系统工程、后勤管理 ：培养战略决策与资源保障能力
军队政治工作、法学概论 ：强化政治素养与法律基础
军事演习、野外生存训练、战术作业 ：通过模拟实战提升指挥能力
指挥自动化工程、军事实习 ：接触前沿技术与实际操作环境
注 ：不同院校或专业方向可能有所差异，例如消防指挥、边防指挥等分支会增设专项课程。
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