南京作为重要的航空枢纽，拥有众多航空公司及其分支机构。根据现有信息，主要航空公司及分支机构如下：
中国东方航空江苏有限公司
作为国有航空集团下属企业，负责南京地区的航线运营。
中国南方航空江苏省分公司
南京主要航空公司之一，提供广泛航线服务。
深圳航空江苏分公司
负责江苏地区的航线规划与运营。
吉祥航空公司
国内新兴航空公司，在南京设有分公司。
中国邮政货运航空公司
承担邮政物流航空运输业务。
新加坡航空公司南京办事处
韩亚航空公司南京办事处
中国国际航空公司南京营业部/莫愁新寓营业部
若尔航空公司
中国邮政货运航空公司
中华航空公司南京办事处
德国汉莎航空公司南京分公司 （可能为分支机构或合作单位）。
南京禄口国际机场 是上述航空公司的主要运营基地，支持多航空公司航线起降。
部分航空公司如中国南方航空、汉莎等在南京设有长期合作机构，但未明确标注分公司名称。
若需具体航线信息，建议通过航空公司官网或南京禄口国际机场官网查询。
以上信息综合自多个来源，部分单位可能存在调整，建议出行前通过官方渠道确认最新运营情况。
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