首都医科大学设有多个学院，涵盖医学、人文、药学、公共卫生等领域，具体设置如下：
基础医学院
学校的核心学院，承担医学基础理论教学与科研工作，设有生物医学科学、临床医学等专业。
医学人文学院
独具特色的医学人文教育机构，开设医学伦理学、医学社会学等课程，培养兼具医学素养与人文关怀的复合型人才。
药学院
专注于药学专业教育与研究，涵盖药学、临床药学等方向，是国家级特色专业。
公共卫生学院
主要研究公共卫生问题，培养公共卫生管理、疾病预防控制等领域的专业人才。
护理学院
临床医学教育的重要支柱，提供护理学、重症护理等专业教育。
国际学院
负责海外教育事务，提供留学申请指导、海外课程等，是国家级重点医学高校同类学院。
生物医学工程学院
交叉学科领域，涵盖生物医学工程、医疗器械等方向，拥有国家级特色专业。
燕京医学院
中医药特色鲜明，包含中医学、中西医结合等专业。
全科医学与继续教育学院
培养全科医生及医学继续教育人才，推动基层医疗服务能力提升。
马克思主义学院
负责医学领域马克思主义理论研究与教育。
附属医院 ：校本部设有22所临床医学院（含20所附属医院），形成覆盖临床教学、科研与诊疗的体系。
学科建设 ：拥有32个国家级重点学科、41个博士点、78个硕士点，覆盖临床医学、药学、公共卫生等学科领域。
国际教育 ：国际学院是海外教育主载体，可容纳800名留学生，提供全英文教学环境。
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