股权分置作为中国资本市场特有的股权结构安排，虽然在一定程度上推动了市场化改革，但也带来了诸多危害，主要体现在以下几个方面：
同股不同价现象
同一公司存在流通股和非流通股，两者价格差异可达数十倍，导致市场定价机制失效。非流通股因流动性差、交易成本高，其价值难以真实反映公司整体价值。
供需失衡风险
非流通股占比较高（通常约三分之二），若突然转为流通股，可能引发市场供过于求，导致股价大幅下跌，影响市场稳定性和投资者信心。
控制权与收益权矛盾
非流通股股东（如大股东）关注资产增值和控制权，而流通股股东更关心股价表现和短期收益。这种差异导致公司治理结构失衡，可能出现“一股独大”或“一股独霸”现象，损害中小股东权益。
道德风险与短视行为
非流通股股东可能为自身利益（如并购重组）而忽视公司长期发展，导致管理层出现短期化决策，甚至操纵股价获取私利。
决策效率低下
股东间利益诉求差异导致公司决策缓慢，重大决策常需经过复杂博弈，影响公司运营效率。
内控机制薄弱
非流通股股东可能通过关联交易或资源控制获取不当利益，削弱公司内部监督机制，增加经营风险。
信息披露失真
为维护非流通股股东利益，上市公司可能过度披露对前者有利的财务信息，导致信息透明度下降，违反“公开、公平、公正”原则。
市场信任危机
股权分置问题频发（如大股东圈钱、并购失败）削弱投资者对资本市场的信心，阻碍资本有效配置。
搭便车与道德风险 ：部分员工成为合伙人后缺乏工作动力，或通过短期业绩提升获取不当利益。
融资能力受限 ：股权结构不合理影响投资者信心，导致公司难以通过股权融资支持发展。
改革建议 ：2005年股权分置改革后，通过非流通股转送股、回购等方式逐步解决存量问题，但需进一步完善市场化机制，平衡股东权益，促进公司长期稳定发展。
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