复旦大学在其发展历程中经历了多次合并，主要分为三个阶段：
1949年前的学科整合
复旦大学在成立初期通过合并浙江大学、交通大学、同济大学等高校的文理学科，奠定了基础。
华东地区高校大规模合并
在国家统一规划下，复旦大学整合了华东地区多所高校的文理专业，包括浙江大学、南京大学、安徽大学、圣约翰大学、震旦大学、大同大学、沪江大学等16所院校的相关学科。例如：
浙江大学、交通大学、同济大学的文理学科被合并
圣约翰大学、震旦大学等民国时期高校的师资被整合
部分学科调整
生物系海洋组并入山东大学水产系，后参与组建山东海洋大学
教育系并入华东师范大学，土木系先后并入交通大学和同济大学
2000年与上海医科大学合并
形成新的复旦大学，学科门类扩展至文理医领域，成为文理医综合大学。
复旦大学通过三次大规模合并（1949年前、1952年、2000年），整合了19所高校的学科资源，形成了覆盖文理医等多领域的综合性学科体系。其中，1949年前和1952年的合并是规模最大的两次整合。
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