截至2024年6月，佳木斯大学设有 26个学院（学部） ，具体如下：
基础医学院
临床医学院 （含第一附属医院）
口腔医学院 （含第二附属医院）
药学院
公共卫生学院
护理学院
检验医学院
材料科学与工程学院
机械工程学院
信息电子技术学院
建筑工程学院
经济管理学院
人文学院
体育学院
美术学院
音乐学院
商学院
外国语学院
旅游管理学院
教育科学学院
警官职业学院
康复医学院
国际教育学院
继续教育学院
此外，学校还设有 1个博士后科研流动站 和 4个博士后科研工作站 ，以及多个研究所（室）。
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