南疆地区的大学数量需根据行政范围和办学层次进行区分，具体如下：
截至2024年12月，南疆五地州（巴音郭楞、阿克苏、喀什、克孜勒苏柯尔克孜、和田）共有 5所本科院校 ，具体为：
喀什大学 （喀什地区）
南疆唯一综合性大学，2024年获批博士学位授权资格，是中西部高校基础能力建设工程高校。
新疆科技学院 （巴音郭楞蒙古自治州）
国家级产教融合试点高校，位于库尔勒市。
新疆理工学院 （阿克苏地区）
阿克苏地区唯一本科高校，应用型本科高校。
新疆和田学院 （和田地区）
南疆首所全日制公办本科学校，2024年5月正式运行。
新疆天山职业技术大学（克州校区） （克孜勒苏柯尔克孜自治州）
克州唯一本科高校，提供职业技术教育。
南疆地区高职院校数量较多，截至2024年12月共有 10所左右 ，例如：
塔里木职业技术学院
阿克苏职业技术学院
铁门关职业技术学院
新疆生产建设兵团兴新职业技术学院
统计口径差异 ：部分资料将新疆科技学院和新疆理工学院归类为本科院校，但根据最新建设情况，新疆理工学院于2024年新增本科专业，可能需以最新官方文件为准。
985/211工程 ：目前南疆无985/211工程高校，仅有新疆大学和石河子大学入选211工程。
综上，南疆本科院校以喀什大学为核心，覆盖五地州，高职院校则进一步补充了区域教育资源。
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