工程企业应缴纳的税费主要包括以下几类，具体如下：
一般纳税人
提供建筑服务适用一般计税方法时，税率为9%，可抵扣进项税（如材料、机械租赁等）；
选择简易计税方法（如2016年4月30日前开工老项目）时，征收率为3%，不可抵扣进项。
小规模纳税人
统一征收率为3%，不可抵扣进项。
预缴增值税
收到预收款时，以预收款扣除支付的分包款后的余额，按2%（一般计税）或3%（简易计税）预缴。
税率 ：25%（一般企业）或15%（高新技术企业）；
优惠政策 ：跨地区项目可设立独立核算项目部（0.2%预缴）或成立分公司（汇总纳税）。
城建税 ：按增值税额的7%（市区）、5%（县镇）、1%（其他）征收；
教育费附加 ：增值税额的3%；
地方教育附加 ：增值税额的2%。
印花税 ：工程合同按0.03%计征，材料合同按0.03%，小规模纳税人可减半；
资源税 ：自采砂、石等资源按地区差异税率缴纳（如5%-50元/平方米）；
城镇土地使用税与房产税 ：
土地使用税：按土地面积及等级缴纳，临时用地可免征（≤1年）；
房产税：自有房产按原值1.2%或租金12%缴纳。
转让在建工程 ：需缴纳增值税（按评估净值）、土地增值税、企业所得税及印花税；
自建工程自用 ：可能涉及房产税或增值税（视用途）。
代扣代缴员工个人所得税，税率根据工资薪金级别确定。
以上税费需结合具体业务类型和项目情况综合计算，建议通过税务筹划优化税负。例如：
老项目选择简易计税降低增值税；
合理划分成本费用减少企业所得税；
合同中明确价税分离条款降低印花税。
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