查理大学目前设有 17个学院 ，具体构成如下：
主校区（布拉格）
包含14个学院，涵盖文学、法学、医学、神学等传统领域。
卫星城分院
分布在布拉格周边的四个卫星城（如赫拉德茨克拉洛韦、比尔森等），涉及医学、教育、社会科学等学科。
独立自治学院
其中包括天主教神学学院、新教神学院、胡斯教派神学院等特色学院。
补充说明
学院数量存在不同表述，部分资料提到“16个学院”可能是将独立自治学院与中央大学下属机构合并计算的结果。但综合多来源信息，17个学院是更全面的描述。- 学校还设有多个研究中心、活动中心及特殊设施，进一步支持教学与研究。
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