对于财务核算不健全的企业，税务机关通常会采取以下税收征收方式：
核定征收
根据纳税人的从业人员、生产设备、原材料消耗等因素，核定其应税产品的产量和销售额来征收税款。适用于生产规模较小、账册不健全的企业。
查定征收
通过查验纳税人的应税商品数量，按市场一般销售单价计算其销售收入并据以征税。适用于城乡集贸市场临时经营者、机场/码头经销商等。
定期定额征收
对营业额或所得额不能准确计算的小型个体工商户，核定一定时期的营业额和所得税附征率，合并征收。适用于小型微利企业。
特定行业征收
如加油站需按税控加油机记录数据确定销售额，未安装税控设备的则需执行台账制度。
核定利润率征收
若企业能正确计算销售额但无法准确计算成本费用，可按税务机关核定的利润率计算应纳税所得额。
定额征收
无法正确计算销售额时，按税务机关核定的固定额度征收所得税。
增值税抵扣限制 ：财务核算不健全的企业不能抵扣进项税额，且无法使用增值税专用票据。
个人所得税代扣代缴 ：即使会计核算不健全，只要有工资表或发放记录，仍可代扣代缴个人所得税。
企业需定期向税务机关报送相关财务资料（如销售台账、成本凭证等），配合税务机关核查。
若企业后续规范了财务核算，可申请转为正常纳税方式。
以上方式需根据企业具体情况由税务机关核定或认定，建议企业尽早规范财务核算以降低税务风险。
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