南京信息工程大学设有20个学院及多个高水平办学机构，具体如下：
一、普通本科学院
大气科学学院
应用气象学院
大气物理学院
地理科学学院
遥感与测绘工程学院
水文与水资源工程学院
海洋科学学院
环境科学与工程学院
自动化学院
电子与信息工程学院
计算机与软件学院
数学与统计学院
物理与光电工程学院
法政学院
马克思主义学院
管理学院
商学院
文学院
传媒与艺术学院
教师教育学院
二、特色高水平办学机构
雷丁学院 （中英合作办学）
长望学院 （拔尖人才培养）
应用技术学院
藕舫学院 （创新创业教育）
国际教育学院
沃特福德学院 （中爱合作）
龙山书院 （大类培养）
滨江学院 （独立学院）
三、其他说明
部分早期资料中提到的“马克思主义学院”“商学院”等机构，可能已随学校发展调整。建议通过南京信息工程大学官网查询最新院系设置。
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