根据权威信息整合，南京市共有2所985高校，具体如下：
南京大学
教育部直属，全国重点大学，位列“双一流”A类、“211工程”和“985工程”重点建设高校。 - 学科覆盖文理农工商等，拥有博士学位授权一级学科44个，综合实力和科研水平全国领先。
东南大学
综合类大学，同样属于“985工程”和“211工程”重点建设高校。 - 以工科见长，尤其在船舶与海洋工程、土木工程等领域具有显着优势。
总结 ：南京市985高校仅南京大学和东南大学两所，均为教育部直属重点高校。
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