武警海警学院的专业设置以海警机构实际需求为导向，涵盖多个学科领域，主要分为以下几类：
法学（维权执法方向）
培养具备海洋法学、治安管理、侦察情报等理论基础与实践能力的专业人才，侧重海上维权执法岗位需求。
航海技术
作为王牌专业，涵盖航海学、舰艇操作、海警舰艇执勤等技能，是浙江省优势专业，培养船艇指挥军官。
作战指挥（船艇指挥）
分为船艇指挥和维权执法两个方向，培养具备海上作战与执法能力的专业人才。
侦察情报
侧重情报收集、分析及处理能力，是学院特色学科之一，满足海警情报工作需求。
轮机工程 ：培养船舶机械操作与维护人才，支持舰艇正常运行。
电子信息工程/电子科学与技术 ：涉及通信、导航、电子对抗等，保障海警信息化作战能力。
武器发射工程 ：研究武器系统操作与维护，提升海警火力打击能力。
海警勤务指挥与战术 ：聚焦海上治安管理、应急处突等实战技能。
政治工作 ：培养政治素养与组织管理能力，满足海警部队政治工作需求。
后勤管理 ：涉及物资保障、装备维护等支持性工作。
学院拥有船艇指挥、装备工程、政治工作3个军队级重点学科。
设有船舶与海洋工程博士后科研工作站，支持前沿技术研究。
法学、航海技术、作战指挥（船艇指挥）、作战指挥（维权执法）、侦察情报等5个专业招生。
以上专业设置体现了海警学院“以维权执法、船艇指挥为重点，学历教育与任职教育融合发展”的办学特色，旨在培养适应新时代海警任务需求的高素质专业人才。
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