祁连山生态环境问题主要体现在以下几个方面，综合多来源信息整理如下：
探矿采矿活动无序
1988年设立国家级自然保护区后，仍有大量探矿权、采矿权在保护区内延续，涉及核心区3宗、缓冲区4宗，形成“掠夺性”采探矿模式。
露天开采破坏严重
露天开采导致地表植被剥离、水土流失、地表塌陷，形成大面积荒漠化，部分河段出现断流现象。
违法建设与违规运行
150余座水电站中有42座位于保护区内，存在未批先建、超规划建设等问题，严重破坏水生态系统。
水电设施老化失修
部分水电设施存在安全隐患，如水库渗漏、堤坝失稳等，进一步加剧生态破坏。
偷排偷放污染严重
周边企业环保投入不足，超排污染物现象屡禁不止，导致土壤、水体污染，影响植被恢复。
资源开发与环保脱节
矿产、旅游等产业发展未同步落实环保措施，形成“以牺牲环境为代价”的发展模式。
问题整改滞后
尽管政府已开展多项整治行动，但部分问题仍整改不到位，生态恶化趋势未得到根本遏制。
监管机制失效
存在监管层层失守、责任落实不到位等问题，导致违法开发、污染排放等行为屡禁不止。
气候变化影响
全球气候暖干化导致冰川退缩、雪线上升，加速植被破坏和土壤侵蚀。
人口与资源矛盾
人口持续增长（1980-2008年增长近1倍）加剧对生态资源的压力，经济快速发展与生态承载能力失衡。
祁连山生态问题成因复杂，涉及体制、监管、发展方式等多方面因素。解决这些问题需强化生态保护红线管理，完善监管机制，推动绿色产业发展，同时加强生态修复与治理。
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