根据搜索结果，南京市江宁区的二本高校主要包括以下几所，需注意部分院校存在多校区情况：
南京晓庄学院
以师范专业为特色，致力于中小学教师培养，属于江苏省属普通二本高校。
金陵科技学院
理工类应用型本科院校，王牌专业包括会计学、软件工程等。
南京航空航天大学
全国重点大学，以航空航天民航为特色，理工科为主。
中国药科大学
以药学为特色，南京是其重要校区之一。
河海大学
全国重点大学，水利工程为特色，工科为主。
南京工程学院 ：江苏省属工科型二本高校，国家卓越工程师教育培养计划试点。
江苏经贸职业技术学院 ：提供经贸类职业教育。
南京交通职业技术学院 ：工科特色鲜明。
江苏海事学院 ：航海与港口类院校。
金陵协和神学院 ：医学类独立学院。
中国传媒大学南广学院 ：传媒类本科院校。
学科定位 ：部分院校如南京航空航天大学、中国药科大学属全国重点大学，但部分校区或专业可能划入二本批次，需以最新招生简章为准。
招生政策 ：二本批次划分可能因年份、专业调整，建议考生结合自身分数和兴趣选择。
以上信息综合自多个来源，具体以江苏省教育考试院发布的招生计划为准。
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