哈尔滨工程大学目前设有 20个系 ，具体划分如下：
一、主要学院
船舶与海洋工程学院
航天与建筑工程学院
动力与能源工程学院 （含核科学与技术系）
自动化学院
水声工程学院
计算机科学与技术学院
机电工程学院
信息与通信工程学院
经济管理学院
材料科学与工程学院
理学院
外语系
人文社会科学学院
国际合作与教育学院
核学院
国防教育学院
二、其他说明
软件学院与国家保密学院 原属计算机科学与技术学院，现独立设置；
部分信息来源将"国防教育学院"列为独立系，但权威资料中通常归入"人文社会科学学院"。
注：以上信息综合自学校官网及权威百科，具体设置请以最新官方公告为准。
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