菏泽学院的专业设置以工学、理学、农学等为主，近年来新增了多个特色专业。以下是截至2025年3月的主要专业分类及部分核心专业：
机械电子工程 ：省级一流本科专业建设点，注重机械与电子技术融合
化学工程与工艺 ：传统优势专业，涵盖化工领域
智能制造工程 ：结合智能制造技术，培养工程实践能力
自动化 ：省级一流本科专业建设点，涉及自动化系统设计与应用
数学与应用数学 ：基础学科，培养数学建模与分析能力
物理学 ：基础物理理论与实验研究
化学 ：化学实验与理论研究，涵盖材料科学方向
农业工程 ：设施农业科学与工程专业已调整至农学门类
园林 ：传统农学相关专业，培养植物资源管理能力
网络与新媒体 ：新媒体运营与传播
新能源材料与器件 ：新能源领域材料研发
人工智能 ：智能系统与算法应用
智慧水利 ：填补省内水利工程智能化专业空白
体育教育 ：省级一流本科专业建设点
生物科学 ：省级一流本科专业建设点
财务管理 ：多学科交叉领域，注重实践能力培养
说明 ：以上信息综合自学校官网及权威招生平台，专业设置可能随时间调整，建议以最新招生简章为准。
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