福建农林大学目前设有多个学院，涵盖工、经、管、文、艺、农等学科门类。根据最新信息，学校共有以下学院及系所：
一、主要学院设置
农学院
植物保护学院
园艺学院
林学院
生命科学学院
动物科学学院（蜂学学院）
资源与环境学院
食品科学学院
材料工程学院
计算机与信息学院
机电工程学院
交通与土木工程学院
经济与管理学院
人文与社会科学学院
艺术学院
海外学院
福建农林大学金山学院
福建农林大学东方学院
软件工程学院
马克思主义学院
国际学院
留学预科学院（合署）
安溪茶学院
继续教育学院
远程教育学院（合署）
二、部分特色学院
菌草与生态学院 （碳中和研究院）：涵盖自然地理与资源环境、林学类等方向
海洋学院 ：包含水产养殖学、海洋科学等专业
软件工程学院 ：新增设的交叉学科领域
三、学科门类与专业覆盖
学校目前涵盖工、经、管、文、艺、农6大学科门类，设置本科专业29个，包括农学、植物科学与技术、动物医学、食品科学与工程、材料科学与工程等。注：以上信息综合了学校官网及权威平台数据，具体专业设置请以学校最新公布为准。
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